1、通透性差。黏质土的颗粒微小，孔隙大，通气透水不佳，容易造成地表积水、滞水和内涝。

2、养分含量丰富。黏质土中以次生矿物为主，本身养分和吸附外界养分多，特别是K、Ca、Mg含量较多。

3、耕性差。黏质土的粘结性、粘着性、可塑性、湿涨性强，耕作阻力大。

4、有毒物质多。黏质土容易积累一些有毒物质如H2S、H3P、CH4等。