伊犁将军是官职。西域都护和伊犁将军都是官职，西域都护府才是机构。伊犁将军，全称为总统伊犁等处将军，是清朝乾隆帝平定准部和回部之后设立的新疆地区名义上的最高军政长官，正一品武官。伊犁将军辖境东到哈密和巴里坤、西到葱岭和楚河、塔拉斯河流域，北到巴尔喀什湖和额尔齐斯河中上游，南到昆仑山。

西域都护是较大的官职,位列封疆大吏,官秩二千石。汉时期的西域都护府倒是比较靠近伊犁河流域。伊犁将军从级别上而言应该是镇守伊犁地区的从属于西域都护的次两级官员,手握一地军权,名义上是听都护调遣。”

乾隆二十七年，任命明瑞为第一任伊犁将军，1912年志锐作为最后一任伊犁将军而结束。伊犁将军节制塔尔巴哈台参赞大臣、乌鲁木齐都统、喀什噶尔参赞大臣。

伊犁将军有统率驻军、考察官吏、屯田置牧、组织生产、核征赋税、巡边守土等职能。1884年新疆建省后，伊犁将军则只负责伊犁和塔尔巴哈台的防务和军政。