圆明园是第二次鸦片战争时期英法联军烧的。1860年，英法联军攻占北京后，占据圆明园。中国守军寡不敌众，圆明园总管大臣文丰投福海自尽，住在园内的常嫔受惊身亡。英国军队首领额尔金在英国首相帕麦斯顿的支持下，下令烧毁圆明园。

3500名英法联军冲入圆明园，纵火焚烧圆明园，大火三日不灭，圆明园及附近的清漪园、静明园、静宜园、畅春园及海淀镇均被烧成一片废墟，安佑宫中，近300名太监、宫女、工匠葬身火海。使这座世界名园化为一片废墟。

圆明园被毁后，仍为皇家禁园。同治年间在慈禧太后的授意下，曾试图择要重修。当时拟修范围为20余处共3.000多间殿宇，主要集中在圆明园前朝区、后湖区和西部、北部一带，以及万春园宫门区、敷春堂口清夏堂等处。但开工不到10个月因财力枯竭被迫停修。

此后，慈禧太后虽然修了颐和园，但并未完全放弃修复圆明园，直至光绪二十二年至二十四年，还曾修葺过圆明园双鹤斋、课农轩等景群。1900(光绪二十六年)年，八国联军入侵北京，慈禧太后挟光绪皇帝逃奔西安，京畿秩序大乱，八旗兵丁、土匪地痞即趁火打劫，把园内残存及陆续基本修复的共约近百座建筑物，皆拆抢一空，使圆明园的建筑和古树名木遭到彻底毁灭。