常见的水生微生物：真菌、细菌、原生动物、噬菌体。水生微生物在生态系统中的地位非常重要，它们主要起到分解的作用。若没有水生微生物，那么动植物残体、排泄物等无法循环，物质将被锁在有机质中不能被生产者利用，会导致整个生态系统崩溃。

细菌、真菌，如：放线菌、腐生菌、原生动物。它们以不同的碳水化合物，包括糖、淀粉、有机酸、纤维素、半纤维素等作为能源。

细菌是重要的分解者，他们分布很广而且可以分解有机物，一公克的土壤通常包含4千万个细菌细胞，而且地球上的细菌形成一种生物量，这种生物量是超过全部现存的植物和动物，细菌在滋养物的循环是重要的，而许多滋养物的循环是依靠生物。

不同于细菌，真菌是单细胞生物，大多腐生营养真菌会增加分歧网状系统的菌丝。细菌的增生是被限制而且吃暴露在表面的有机物，真菌可以使用他们的菌丝去穿透较大的有机物质。