高能化合物有磷酸肌酸、三磷酸腺苷、氨甲酰磷酸、磷酸烯醇式丙酮酸、3-磷酸甘油酸、乙酰辅酶A等。其中三磷酸腺苷是各种活细胞内普遍存在的一种高能磷酸化合物，也是一种不稳定的高能化合物，由1分子腺嘌呤，1分子核糖和3分子磷酸基团组成。又称腺苷三磷酸，简称ATP。

磷酸烯醇式丙酮酸：磷酸烯醇式丙酮酸是生物细胞中的常见生化分子，是糖解作用与糖质新生作用的中间产物。在糖解作用中，此分子是2-磷酸甘油酸在烯醇化酶。的催化下生成，是一个高能磷酸分子。

磷酸肌酸：磷酸肌酸是在肌肉或其他兴奋性组织中的一种高能磷酸化合物，化学式为C4H10N3O5P，是高能磷酸基的暂时贮存形式。磷酸肌酸的主要活性成分是磷酸肌酸，磷酸肌酸担当着补充腺苷三磷酸的能量储备的作用。

氨甲酰磷酸：氨甲酰磷酸为高能磷酸化合物之一，由氨和二氧化碳消耗2分子的ATP形成的氨甲酰磷酸合成酶。它可把氨甲酰基转移给尿素循环的鸟氨酸，形成瓜氨酸与磷酸。此外，与天冬氨酸反应可生成氨甲酰天冬氨酸。