哲学三大方法论是辩证唯物论、认识论、联系观。辩证唯物论是关于世界的物质性学说、关于物质和意识的辩证关系学说，它采用辩证法的观点研究世界的本质，所要说明的是世界的本质“是什么”和世界的组成“有什么”的问题。认识的本质，是主体在实践基础上或通过实践对客体的能动的、创造性的反映。认识是主体和客体相互作用的过程和结果。

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方法论在不同层次上有哲学方法论、一般科学方法论、具体科学方法论之分。科学方法论，包括培根阐述的实验方法与归纳逻辑、笛卡儿论述的数学方法与演绎逻辑，以及贝塔郎菲的一般系统论方法与中国曾邦哲的系统逻辑《结构论》。

关于认识世界、改造世界、探索实现主观世界与客观世界相一致的最一般的方法理论是哲学方法论；研究各门具体学科，带有一定普遍意义，适用于许多有关领域的方法理论是一般科学方法论；研究某一具体学科，涉及某一具体领域的方法理论是具体科学方法论。

三者之间的关系是互相依存、互相影响、互相补充的对立统一关系；而哲学方法论在一定意义上说带有决定性作用，它是各门科学方法论的概括和总结，是最一般的方法论，对一般科学方法论、具体科学方法论有着指导意义。